L’etapa de l’Escola Judicial s’inicia amb la reforma de la Llei Orgànica del Poder Judicial de 1995 per la qual la matèria de formació de jutges, que anteriorment estava residenciada a l’àmbit del Ministeri de Justícia, es transfereix al CGPJ. La formació inicial es realitza  per primera vegada a la seu de Barcelona am la promoció 48ª, al febrer de 1997.

A partir d’aquest moment les promocions successives estan integrades únicament per jutges, ja que els fiscals segueixen el seu procés de formació a l’antiga seu del Ministeri de Justícia, ubicada  a la Ciutat Universitària de Madrid, sota la denominació de Centre d’Estudis Jurídics (CEJ), on també s’imparteix la formació al secretariat judicial, als advocats de l’estat, i a d’altres cossos, i a d’altres cossos jurídics de caràcter nacional gestionats des de l’àmbit governamental.

Des de finals del segle XIX va haver diferents projectes governamentals que contemplaven la creació d’una Escola Judicial com garantia del bon servei als ciutadans. El Decret del 22 de setembre de 1836 va crear la “Junta qualificadora de magistrats i jutges”, “per preparar l’organització judicial, per quan sigui necessari fer-la sobre el principi de la inamobilitat”. Fernando de los Ríos, ministre de justícia en els albors de la II República va incloure la creació de la EJ en el seu programa de govern.”

La creació efectiva de l’Escola Judicial no es va produir fins la Llei del 26 d’abril de 1944. El seu primer director, en 1947, va ser Plaza Navarro, qui la va qualificar com “una prudent reacció contra d’ingrés per oposició”. En l’exposició de motius de la norma que la va crear s’explicita que “l’oposició pot servir per contenir els excessos del favor, però no es suficient per garantir la formació complerta dels futurs titulars per una funció que exigeix virtuts provades”.

En la seva primitiva configuració la EJ va ser un organisme del Ministeri de Justícia, que va gestionar 47 promocions de jutges (entre 1947 i 1996), en formació compartida amb els fiscals. A partir de 1997 comença l’etapa de la EJ en el si del CGPJ, amb la promoció 48ena. En aquest període han estat els seus directors de la EJ Jesús Corbal, Carlos Gómez Martínez, José Francisco Valls Gombau, Nuria Bassols i Pascual Ortuño.